Den pædagogiske metode i arbejdet med de anbragte børn og unge på Eggertshus, er med udgangspunkt i det enkelte barns udviklingsniveau og specifikke behov, formuleret i følgende målsætning:
”at etablere, vedligeholde og udvikle et terapeutisk miljø, hvori det enkelte u integrerede barns muligheder for såvel personlig, socialt og intellektuel udvikling, i rigt omfang er til stede”
Det daglige arbejde og pædagogiske praksis er funderet i Miljøterapi, der er en terapeutisk metode med, hvilken det er muligt at skabe muligheder for forandring hos den anbragte og kan defineres som, en systematisk og gennemtænkt tilrettelæggelse af miljøets psykologiske, sociale og materielle/fysiske betingelser i forhold til individets og gruppens situation og behov. Hensigten med dette er, at fremme deres muligheder for indlæring, mestring og personligt ansvar. Det miljøterapeutiske system (organisation), er en helhed, der fungerer i forening med, og i relation til omverdenen.
Miljøterapi er en selvstændig arbejdsform, hvor der er tale om, at selve interventionen sker i miljøet og i en fortløbende interaktion mellem miljø, miljøterapeut og barn og foregår kontinuerligt i den primære dagligdag. Miljøterapien knytter sig til en række dagligdagssituationer “nøglesituationer”, der på den ene eller anden måde vækker uro, ængstelse eller frustration hos barnet, men kan også lægge op til behovstilfredsstillelse og omsorg. Strukturerne skal primært være kendetegnet ved klarhed, ensartethed og forudsigelighed således, at selve strukturen grundlæggende signalere både omsorg og kontrollerende støtte. Som en støtte i det fremadrettede arbejde med de anbragte, anvendes Narrativ metode, hvor der lægger vægt på, at problemet er adskilt fra personen således, at det ikke er personen, der er problemet. Der arbejdes med identitet og tilvejebringelse af nye positive livshistorier og handlemuligheder med respekt for den anbragte. I et samarbejde mellem den anbragte og kontaktpædagog udforskes det gennem nænsom dialog, hvordan det aktuelle problem påvirker den anbragtes liv på forskellige områder. Hermed skabes der mulighed for nye handlemulighed der for den anbragte.